Zvarritja e proceseve gjyqësore në strukturat e posaçme, SPAK dhe GJKKO, ka sjellë kritika të shumta mbi efikasitetin e sistemit të drejtësisë. Dosja e ish-ministrit Beqja shërben si shembull kryesor, pasi gjykata u detyrua ta lirojë të akuzuarin për grup të strukturuar kriminal pas 25 muajsh në qeli, pa arritur një vendim në themel. Ndërsa arrestimi i tij ndodhi më 4 korrik 2024, masa e sigurimit u shua më 31 korrik 2026 për shkak të tejkalimit të afateve.
E njëjta situatë është vërejtur edhe në dosjen Llogaraja, ku të implikuarit Gentian Gjyli dhe Erald Elezi kanë lënë izolimin shtëpiak, me detyrimin për t'u paraqitur një herë në muaj te BKH. Shkak për këto vendime është bërë tejkalimi i afateve të hetimit ose gjykimit të parashikuara nga Kodi i Procedurës Penale.
Sipas kritikëve, periodiciteti i seancave në GJKKO shpesh tejkalon hapësirën kohore njëmujore, duke shkelur parimin e gjykimit të pandërprerë të sanksionuar në nenin 342 të Kodit të Procedurës Penale. Ky fenomen ushqen perceptimin publik se arrestimet e zyrtarëve të lartë nuk po pasohen nga procese të shpejta, duke u krahasuar negativisht me standardet ndërkombëtare, siç ishte procesi ndaj Marine Le Pen në Francë ose gjykimi i Derek Chauvin në SHBA.
Në analizat e bëra vërehet se rrjedhja e informacionit te gazetarët krijon një "gjyq publik", i cili shpesh zhvillohet më shpejt se ai penal. Gjithashtu, përmendet praktika e ndalimeve pa prova të mjaftueshme, duke u referuar si rast referencë pafajësia e fituar nga ish-drejtori i RTSH, Thoma Gëllçi, pas 7 muajsh paraburgim, vendim i mbështetur edhe nga Gjykata Europiane për të Drejtat e Njeriut.