Komisioni Europian ka pranuar ekzistencën e problemeve teknike dhe logjistike me sistemin e ri të regjistrimit të hyrje-daljeve, të njohur si EES (Entry/Exit System). Ky sistem zëvendëson vulat tradicionale në pasaporta me regjistrimin elektronik të të dhënave biometrike, si gjurmët e gishtërinjve dhe fotografia e fytyrës, për të gjithë shtetasit e vendeve që nuk janë pjesë e Bashkimit Europian.
Zbatimi i procedurave të reja ka sjellë kolona të gjata dhe pritje të stërzgjatura në shumë aeroporte dhe pika kufitare të bllokut europian. Sipas raportimeve të industrisë së aviacionit, vonesat kanë arritur deri në 5 orë, duke shkaktuar humbjen e fluturimeve për shumë pasagjerë. Përfaqësues të kësaj industrie kanë kërkuar nga Komisioni Europian autorizimin për pezullimin e përkohshëm të sistemit në momentet e fluksit të lartë, për të shmangur bllokimin e mëtejshëm të lëvizjes.
Një zëdhënës i Komisionit Europian bëri të ditur se Brukseli është në dijeni të situatës dhe po bashkëpunon me shtetet anëtare për monitorim dhe gjetje të zgjidhjeve teknike. Pavarësisht vështirësive të evidentuara, institucioni ka bërë të qartë se nuk ka plane për pezullimin e sistemit. Përfaqësuesit e sektorit të aviacionit paralajmërojnë se situata rrezikon të përkeqësohet gjatë muajve korrik dhe gusht, kur pritet kulmi i lëvizjeve turistike, nëse nuk shtohet numri i personelit dhe nuk merren masa shtesë lehtësuese.
Ndërkohë, kompania ajrore Ryanair ka kërkuar zyrtarisht shtyrjen e zbatimit të plotë të sistemit deri në përfundim të sezonit veror, duke argumentuar se infrastruktura aktuale në shumë aeroporte nuk është e gatshme për këto kontrolle të reja.